新疆维吾尔自治区烟草专卖局、新疆维吾尔自治区烟草公司成立于1986年。下辖乌鲁木齐市、昌吉回族自治州、博尔塔拉蒙古自治州、伊犁哈萨克自治州、克拉玛依市、塔城地区、阿勒泰地区、吐鲁番市、哈密市、巴音郭楞蒙古自治州、阿克苏地区、喀什地区、和田地区烟草公司13个全资子公司，以及新疆烟草进出口有限责任公司1个专业子公司。机关内设12个职能处室、4个专业部门。全区从业人员2567人。截至2022年底，总资产106.25亿元，其中，固定资产6.55亿元、流动资产95.89亿元，资产负债率20.45%。
　　新疆维吾尔自治区烟草专卖局、新疆维吾尔自治区烟草公司在国家局、总公司的统一领导下，主要职责是保证国家局、总公司宏观决策、宏观调控各项任务落实到位，维护“统一领导、垂直管理、专卖专营”的烟草专卖体制，并代表总公司对所属企业的国有资产行使出资人权利，经营和管理国有资产，承担保值增值责任。